神奇宝贝火箭队的初次登场并非在《宠物小精灵》动画的第一部或第二部，而是在《宠物小精灵：无印》（日版）的第二集中。以下是相关细节：

登场时间与作品

火箭队首次出现时，小智、小霞和皮卡丘正在常磐市的神奇宝贝中心。火箭队因对稀有神奇宝贝的执着而忽视皮卡丘，但皮卡丘释放的十万伏特令他们意识到其特殊性，从而开启了对皮卡丘的追踪。

集数与剧情关联

该情节发生在《宠物小精灵：无印》第二集，而非用户可能误认为的第一部或第二部。这一集通过火箭队与小智的初次相遇，为后续的师徒关系埋下伏笔。

其他版本差异

不同地区版本（如国语版）的集数编号可能不同，但根据剧情发展，火箭队的首次登场时间在动画主线中保持一致。

综上，火箭队的初次登场明确为《宠物小精灵：无印》第二集。